生态功能保护区规划是通过分析区域生态环境特点和人类经济、社会活动，以及二者相互作用的规律，依据生态学和生态经济学的基本原理，制定区域生态环境保护目标，以及实现目标所要采取的措施(规划的技术路线参见附录1)。规划应遵循以下基本原则：
3.2.1 保护优先，预防为主，防治结合的原则
建立生态功能保护区是为了对重要生态功能区实施抢救性保护。因此，必须坚持保护优先、预防为主，防治结合的原则，切实加强这些地区的社会、经济活动的环境监管，防止生态功能退化。同时，遵循自然规律，采取适当的生物和工程措施，尽快恢复和重建退化的生态功能。
3.2.2生态保护与经济发展相结合的原则
通过调整生态功能保护区内的产业结构，改变区内粗放经济发展方式，最大限度地减轻人类活动对生态环境的影响，以达到保护生态功能的目的。
3.2.3 统筹规划，突出重点，分步实施的原则
规划要突出重点，抓住生态功能保护区的主导生态功能，重点解决制约主导生态功能发挥的各类限制性因素。同时，应当统筹兼顾，点面结合，分步实施。
4.总体布局
4.1 生态功能的确定
生态功能是指生态系统及其生态过程所形成或所维持的人类赖以生存的自然环境条件与效用，主要包括水源涵养、调蓄洪水、防风固沙、水土保持、维持生物多样性等功能。
4.1.1 主导生态功能的确定
一个重要生态功能区同时具有多种生态功能。本《大纲》提出的主导生态功能，是指在维护流域、区域生态安全和生态平衡，促进社会、经济持续健康发展方面发挥主导作用的生态功能，也是建立生态功能保护区的根本依据。
4.1.2 辅助生态功能的确定
辅助生态功能是指其他与主导生态功能相伴而存的生态功能。辅助生态功能的保护必须服从主导生态功能保护的需要。
4.2 规划目标的制定
规划目标要与《全国生态环境保护纲要》和《全国生态环境建设规划》的目标相一致，要与当地的经济和社会发展计划、规划相结合，并将规划纳入当地经济和社会发展的长远规划和年度计划。在时间上以5年为一时段（与当地的经济和社会发展计划、规划要吻合），分为近期、中期和远期三个阶段。
4.2.1 总体目标（含社会、经济和环境综合目标）
4.2.2 近期目标（以规划基准年起第一个五年计划，含社会、经济和环境综合目标）
4.2.3 中期目标（以规划基准年起第二个五年计划，含社会、经济和环境综合目标）
4.2.4 远期目标（以规划基准年起第三个五年计划，含社会、经济和环境综合目标）
4.3 功能分区
功能分区目的主要是按照自然特点、环境现状、社会发展需要和保护与恢复生态功能的要求，在生态功能保护区内进行生态功能分区，制定各分区生态保护的措施。
4.3.1 功能分区的原则
4.3.2 功能分区的依据
4.3.3 功能区划分和命名
功能区划分不宜过细。每一功能区的命名方式为：地名+生态系统名称+主导生态功能（+辅助生态功能）
5. 规划内容
5.1 总体要求
生态功能保护建设与管理的主要任务与措施。一是采取严格保护措施，保护现有生态状况保持良好、生态功能正常发挥的重点区域，防止发生新的退化和人为破坏。其中生物多样性丰富、具有典型性、完整性的自然区域，也可以采取建立自然保护区的保护方式。二是对生态系统受到破坏，生态功能开始退化的区域，重点采取合理的管护措施，包括围栏封育，促进自然恢复。三是对区内严重退化的生态系统和生态严重恶化区域，通过生物和工程措施，开展生态恢复与重建，逐步恢复其生态功能。
同时，为了减轻不合理发展方式带来的冲击和压力，推动生态功能保护区内生态环境与社会经济的协调发展，应当在充分考虑当地经济、社会发展的需要和生态环境承载能力的基础上，调整产业结构和生产力布局，积极寻求替代产业，改变粗放的经济增长方式，发展生态经济。
对生态功能保护区实施分区建设与管理。围绕确保主导生态功能稳定、有效发挥的需要，按照自然特点、环境现状、社会发展需要和保护与恢复生态功能的要求，进行科学的分区保护，明确各分区的范围、主要生态问题、生态保护目标、任务和措施（不同地区、类型的生态功能保护区主要任务和措施的总体要求可参考附录2）。
5.2 规划重点
5.2.1 保护管理规划
5.2.2 基础设施能力建设规划
5.2.3 宣传教育规划
5.2.4 科研监测规划
5.2.5 社区共管规划
5.2.6 产业结构调整，生态产业发展规划
要围绕主导生态功能的保护，针对解决影响主导生态功能发挥的主要限制因素提出产业结构调整规划。产业结构调整要结合当地实际，明确生态功能保护区内的种植业、畜牧业、养殖业、工业等是否需要调整、如何调整。
5.2.7 人口控制或移民规划（根据需要选择此项）
6. 重点建设工程或项目的确定
要围绕上述规划重点，有针对性地确定重点建设工程,主要包括生态功能保护管理工程、科研监测工程、宣传教育工程、社区共管工程、生态产业工程等。根据实际情况，可编制近期内（以规划基准年起第一个五年计划）重点建设工程或项目的可行性研究报告（代项目建议书）作为规划文本的附件。
7. 投资概算
7.1 投资概算
7.2 投资计划安排
7.3 投资渠道
7.4 事业费估算
8 组织机构及人员设置
8.1 设置原则
8.2 组织机构
8.3 人员编制
8.4 任务、职能
9 实施规划的保障措施
9.1法规政策保障
制定生态功能保护区建设的法律，做到“一区一法”；颁布生态保护政策，包括资源利用政策、产业政策、生态补偿政策等。
9.2 组织保障
应成立生态功能保护区建设领导小组，并将生态功能保护区建设的各项任务纳入政府工作目标责任制。
9.3 人力资源保障
应通过制订与实施切实有效的岗位人员培训计划和岗位激励政策，鼓励广大干部、群众投身生态功能保护区建设和管理。
9.4科技保障
制定监测与科学研究计划，依靠科技进步，加强生态保护技术和生态破坏恢复治理技术的研究，开展生态监测，及时掌握生态环境状况和变化趋势。
9.5 资金保障
生态功能保护区建设各项任务应纳入各级政府经济和社会发展计划，建立国家、地方投入与社会、国际资金渠道。
10. 生态功能保护区建设的效益评估
10.1 经济效益
.1 经济效益
10.2 社会效益
10.3 环境效益
11 规划的编制、论证和批准
地方级生态功能保护区规划由生态功能保护区所在地的环境保护行政主管部门会同有关部门组织编制、论证，经上级环境保护行政主管部门审查同意后，报当地人民政府批准实施；国家级生态功能保护区规划由生态功能保护区所在地的省级环境保护行政主管部门会同有关部门组织编制、论证，经国家环境保护总局审查同意后，报当地省级人民政府批准实施。
