《环境监理工作暂行办法》明确了环境监理机构的具体职责，共九条。

1.     贯彻国家和地方环境保护的有关法律、法规、政策和规章；

2.依据主管环境保护部门的委托，依法对辖区内单位或个人执行环境保护法规的情况进行现场监督、检查，并按规定进行处理；

3.负责污水、废气、固体废弃物、噪声、放射性物质等超标排污费和排污费的征收工作；

4.负责排污费财务管理和排污费年度收支预、决算的编制以及排污费财务、统计报表的编报会审工作；

5.负责对海洋和生态破坏事件的调查，并参与处理；

6.参与环境污染事故、纠纷的调查处理；

7.参与污染治理项目年度计划的编制，负责该计划执行情况的监督检查；

8.负责环境监理人员的业务培训，总结交流环境监理工作经验；

9.承担主管或上级环境保护部门委托的其他任务；]

国家环保总局在《关于进一步加强环境监理工作若干意见的通知》中又增加了核安全设施的监督检查；自然生态保护监理；农业生态环境监理三项职责。